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明治４（1871）年７月14日、それまでの藩を廃し、県が置かれることになり（廃藩置県）、藩名がそのまま県名となりました。尾張の２藩は、名古屋県・犬山県に、三河の10藩は岡崎県・西大平（にしおおひら）県・重原（しげはら）県・刈谷県・西端（にしばた）県・西尾県・挙母 （ころも）県・半原（はんばら）県・豊橋県・田原県になりました。
同年11月、大蔵省の計画により、三河10県を統合し、尾張の知多郡を加えた額田（ぬかた）県が設置されました。その際、伊那県の管轄に編入されていた三河に散在する旧幕府領・旧旗本領・旧寺社領も額田県の管轄に入りました。
尾張（知多郡を除く。）では、同月22日、名古屋県・犬山県を統合し、名古屋県が設置されましたが、犬山県と統合する前の名古屋県と同じ名称であり、混同しやすいことから、明治５年４月２日に、県名が愛知県に改められました。この時、名古屋県権令（ごんれい）に着任していた井関盛艮（いせきもりとめ）が、愛知県権令となりました。
同年11月27日、額田県は愛知県と合併することとなり、１年ほどで額田県は廃止されました。これにより、愛知県は、尾張・三河地域を所管し、現在の県域となりました。

明治11（1878）年７月22日に公布された郡区町村編制法により、大区小区制は廃止され府県の下に改めて郡区・町村を設置しました。本県では同年12月に施行され、郡は行政区画となり郡役所が設置されるとともに、郡長が置かれました。
明治23年５月17日に公布された郡制により、郡は、府県と町村の間に位置する地方自治体となりました。本県では、翌年４月１日に郡制が施行され、名古屋市と、愛知郡や碧海郡などの19郡（後に18郡）となりました。
第一次世界大戦後、町村分賦金の急増により、町村の自治権拡大のためには郡制が大きな障害になっているとする考えから、郡制廃止を求める要望が強まっていきました。
その後も、郡制廃止に向けた動きは止まらず、大正10（1921）年に「郡制廃止ニ関スル法律」が公布され、同12年４月１日、ついに郡制は廃止されました。同15年には、地方官官制の全部改正により、郡長・郡役所が廃止されました。これによって、約50年続いた郡役所が幕を閉じることとなりました。本県では、それまで郡が行っていた事業は県や町村、組合に移管され、郡役所の職員の大半が県に採用されました。

愛知県庁舎は４回の移転を経て現在に至っています。明治５（1872）年４月、名古屋県から愛知県に県名を変えた当初、県庁舎は、名古屋城郭内の旧名古屋藩庁（元尾張藩付家老竹腰家旧上屋敷）を使用していました。しかし、名古屋城郭内すべてが陸軍省に引き渡されることとなり、同７年11月に現在の真宗大谷派名古屋別院（東別院）内へ一時的に移転しました。
明治10年６月に仮庁舎から南久屋町へ庁舎を新築移転したのち、道路の改修事業により、再度移転を余儀なくされ、同33年に南久屋町から南武平町へ新築移転しました。
南武平町に移転した当初は余裕のあった庁舎も、次第に手狭になり、増築を行いながら利用されていましたが、大正14（1925）年に新たに建設計画が持ち上がり、調査が開始されました。しかし、不況などにより計画が一時中止となり、昭和10（1935）年にようやく着工となりました。その後も資材の高騰や日中戦争勃発など、急速に戦時体制へと移行する中での新庁舎建築は困難を極めましたが、昭和13年に竣工しました。

愛知県が誕生した当時（明治５年）の愛知県の地方長官は、初代は県権令（ごんれい）、二代目からは県令と呼ばれましたが、明治19（1886）年７月に公布された地方官官制により、知事に改称されました。
当時の知事は、国から任命されていたため、しばしば「官選知事」と呼ばれました。任命された知事は、内務省の人事異動に伴い、短期間で任地を離れていきました。
昭和22（1947）年５月３日に日本国憲法が施行され、第93条第２項において「地方公共団体の長（中略）は、その地方公共団体の住民が、直接これを選挙する」と定められました。知事は、住民による直接選挙で選ばれる「公選知事」となり、知事の身分は、日本国憲法と同時に施行された地方自治法により、地方公務員となりました。